Kako ga tereti optužnica, on je u vremenskom periodu od aprila do septembra 1992. godine, u vrijeme širokog i sistematskog napada Vojske Republike Srpske, vojnih, paravojnih i policijskih snaga na civilno stanovništvo bošnjačke nacionalnosti na području općine Foča, vršio progon civilnog stanovništva na nacionalnoj i vjerskoj osnovi, postupajući suprotno odredbama Ženevskih konvencija o zaštiti civila za vrijeme rata.

- U okviru progona optuženi se tereti da je učestvovao u prisilnom nestanku dvije osobe bošnjačke nacionalnosti, među kojima i maloljetni dječak, nečovječnom postupanju, ubistvu 10 civila, pomaganju u prisiljavanju dvije žrtve na seksualni odnos (silovanje) te za nezakonito zatvaranje i prisilno preseljenje civila bošnjačke nacionalnosti - navodi se u saopćenju Tužilaštva BiH.

Prema navodima optužnice, Nikačević je vršio progon i na način da je kao komandir specijalne jedinice zvane "Nikačevi", kao nadređena osoba znao da su njegovi podređeni pripadnici jedinice počinili nečovječna postupanja i ubili zarobljene civile, te nije preduzeo mjere da spriječi zločine i kazni počinioce tih djela.

Optuženi se tereti za krivično djelo zločini protiv čovječnosti, a navode optužnice Tužilaštvo će dokazivati pozivanjem 70 svjedoka i prilaganjem više od 300 materijalnih dokaza.

Optužnica je proslijeđena Sudu BiH na potvrđivanje.

Nikačević je ranije pred Sudom biH osuđen na 10 godina zatvora zbog silovanja.