Šunjiću se ranije sudilo za zločin protiv čovječnosti sa Juretom Kordićem, Draženom Lovrićem, Dariom Sušcem, Nedžadom Tinjakom, Nuhanom Šikalom, Dariom Mihaljem, Stankom Škobićem, Tomislavom Ančićem i Slavkom Golomcem.

Svi optuženi su bili pripadnici Prve bojne Druge brigade i "Kažnjeničke bojne" Hrvatskog vijeća obrane (HVO). Optužnica ih tereti za zatvaranje u logore "Heliodrom" i "Vojno", progon i teška zlostavljanja bošnjačkog stanovništva Mostara, počinjena tokom 1992. i 1993. godine, čime su, kako je navedeno, svjesno učestvovali u udruženom zločinačkom poduhvatu.

Šunjića je optužnica teretila da je u septembru 1993. u zgradi policije HVO-a koja se nalazila na putu prema naselju Salakovac skupa sa više osoba silovao zaštićenu svjedokinju "B" koje je prethodno bila dovedena iz logora "Vojno". U tom predmetu je ranije odvojen postupak protiv Neđada Ćorića, a potom i obustavljen zbog smrti optuženog u julu 2019.

BIRN BiH je ranije pisao da je u proteklih pet godina 20-ak osoba protiv kojih je Državni sud potvrdio optužnice preminulo prije izricanja konačne presude zbog čega su krivični postupci protiv njih obustavljeni.